Thứ ba, nguyên tắc phân cấp: Là nguyên tắc quan trọng trong quản lý tài chính đối với các ĐVSN thụ hưởng ngân sách nhà nước. Nguyên tắc phân cấp trong quản lý tài chính ĐVSN đảm bảo cho các nguồn lực tài chính của từng ĐVSN được quản lý tập trung trên cơ sở phát huy sáng kiến của các bộ phận. Trên giác độ toàn quốc, các nguồn tài chính công cũng phải được quản lý tập trung, đồng thời có phân cấp cho các cấp quản lý thống nhất hơn.
Thứ tư, nguyên tắc công khai, minh bạch: ĐVSN là tổ chức công nên việc quản lý tài chính các đơn vị này phải đáp ứng yêu cầu chung trong quản lý tài chính công, đó là công khai, minh bạch trong động viên, phân phối, sử dụng các nguồn lực xã hội, nhất là nguồn lực tài chính. Thực hiện công khai, minh bạch trong quản lý sẽ tạo điều kiện cho cộng đồng có thể giám sát, kiểm soát các quyết định về thu, chi tài chính công, hạn chế những thất thoát và đảm bảo tính hợp lý trong chi tiêu của các ĐVSN, kết quả sẽ làm tăng hiệu quả hoạt động của các ĐVSN.