• Tuy đã có nhiều cố gắng nhưng lực lượng vẫn còn mỏng, kinh nghiệm chưa nhiều, địa bàn hoạt động trải dài theo đất nước, môi trường làm việc ẩn chứa nhiều rủi ro.
• Do nhiều nguyên nhân tới nay vẫn chưa tiến hành mua được trụ sở làm việc. Đây được xác định là một nhu cầu lớn của Quỹ làm tiền đề cho các bước phát triển tiếp theo.
Một số biện pháp nhằm khắc phục:
• Tăng cường công tác tuyên truyền về hoạt động của Quỹ trên mọi phương diện, mở rộng hợp tác với các cơ quan trong và ngoài nước. Xây dựng và triển khai các dự án phối hợp với các tổ chức trong và ngoài nước về BVMT.
• Đề nghị xây dựng phương án thành lập chi nhánh của Quỹ tại Thủ đô ViêngChăn.
• Đề nghị Bộ tài nguyên và môi trường hỗ trợ trong việc phân bổ hay mua trụ sở làm việc từ nguồn dôi dư của Bộ.
• Tiếp tục nâng cao năng lực hoạt động, sửa đổi, bổ sung Điều lệ tổ chức và hoạt động, Thông tư hướng dẫn chế độ quản lý tài chính, các quyết định của Hội đồng quản lý về hoạt động của Quỹ sau khi thủ tướng chính phủ ban hành quyết định thay thế quyết định số 82/2007/QĐ-TTg.
• Bổ sung nhân lực từ 5 đến 10 cán bộ để thực hiện các nhiệm vụ mới được giao cũng như tăng cường cho các công tác đã triển khai. Triển khai các nhiệm vụ mới được giao theo quyết định của chính phủ.
• Nâng cao năng lực chuyên môn qua các đhoá học ngắn hạn trong và ngoài nước thông qua hoạt động của Quỹ và sự hỗ trợ của Bộ tài nguyên và môi trường.