Khánh Hòa ngày nay là phần đất cũ của xứ Kauthara thuộc vương quốc Chăm Pa. Năm 1653, lấy cớ vua Chiêm Thành là Bà Tấm quấy nhiễu dân Việt ở Phú Yên, Chúa Nguyễn Phúc Tần sai quan cai cơ Hùng Lộc đem quân sang đánh chiếm được vùng đất Phan Rang trở ra đến Phú Yên. Năm 1831, Vua Minh Mạng thành lập tỉnh Khánh Hòa trên cơ sở trấn Bình Hòa). Sau lần hợp nhất vào năm 1975, đến năm 1989, Quốc hội lại chia tỉnh Phú Khánh thành hai tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa cho đến ngày nay.