Thứ nhất, nguyên tắc hiệu quả: Là nguyên tắc quan trọng hàng đầu trong quản lý tài chính nói chung và trong quản lý các ĐVSN nói riêng. Hiệu quả trong quản lý tài chính thể hiện ở sự so sánh giữa kết quả đạt được trên tất cả các lĩnh vực chính trị, kinh tế và xã hội với chi phí bỏ ra. Tuân thủ nguyên tắc này, khi tiến hành quản lý tài chính các ĐVSN, Nhà nước cần quan tâm cả hiệu quả về xã hội và hiệu quả kinh tế. Mặc dù rất khó định lượng hiệu quả xã hội, song những lợi ích đem lại về xã hội luôn được đề cập, cân nhắc thận trọng trong quá trình quản lý tài chính công. Nhà nước phải cân đối giữa việc thực hiện các nhiệm vụ, mục tiêu trên cơ sở lợi ích của quốc gia, của cộng đồng, những mục tiêu chính trị quan trọng cần phải đạt được trong từng giai đoạn nhất định với định mức chi hợp lý. Hiệu quả kinh tế là tiêu thức quan trọng để các cá nhân hoặc cơ quan có thẩm quyền cân nhắc khi xem xét các phương án, dự án hoạt động sự nghiệp khác nhau. Hiệu quả xã hội và hiệu quả kinh tế là hai nội dung quan trọng phải được xem xét đồng thời khi hình thành một quyết định hay một chính sách chi tiêu liên quan đến hoạt động sự nghiệp.
Thứ hai, nguyên tắc thống nhất: Là thống nhất quản lý tài chính ĐVSN bằng những văn bản luật pháp thống nhất trong cả nước. Thống nhất quản lý chính là việc tuân theo một khuôn khổ chung từ việc hình thành, sử dụng, thanh tra, kiểm tra, quyết toán, xử lý những vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện quản lý thu, chi tài chính ở các ĐVSN. Nguyên tắc thống nhất vẫn phải bảo đảm độ đa dạng, mềm dẻo về thể chế để phát huy quyền tự chủ của các ĐVSN. Thực hiện nguyên tắc quản lý này sẽ đảm bảo tính công bằng, bình đẳng trong đối xử với các ĐVSN khác nhau, hạn chế những tiêu cực và rủi ro trong hoạt động tài chính, nhất là những rủi ro có tính chất chủ quan khi quyết định các khoản thu, chi.