Với bộ máy tổ chức hiện nay của Quỹ bảo vệ môi trường. Đơn vị này thực hiện các chức năng của đơn vị sự nghiệp. Các đơn vị này thực hiện nhiệm vụ được giao theo chỉ tiêu hàng năm theo kế hoạch, bên cạnh đó thực hiện những nhiệm vụ đột xuất cấp trên giao. Dưới góc độ quản lý tài chính thì những đơn vị này chủ yếu là hoạt động chi tiêu tài chính, đó là sự chi tiêu một chiều, không thu hồi được vốn và nguồn thu ở các đơn vị này chỉ có nguồn NSNN.