Như vậy ở thời kỳ này cấp Bộ đã không còn, nhưng lại xuất hiện các khu tự trị. Miền Bắc Việt Nam có 2 khu tự trị, được thành lập từ năm 1955-1956: Khu tự trị Tây Bắc (ban đầu gọi là Khu tự trị Thái Mèo) và Khu tự trị Việt Bắc. Khu tự trị Tây Bắc lúc đầu chỉ có các cấp châu (tương đương huyện) và xã, bỏ cấp tỉnh, nhưng đến năm 1963 đã lập lại các tỉnh. Hai khu tự trị này tồn tại đến tháng 12 năm 1975.